两人共同出资，但合同协议中只写了一人的姓名

可以写协议说明承包地属两人。依据《民法典》，合同可由多个民事主体共同作为当事人，未写双方名字不影响合同效力，但不及时处理可能导致权益受损，如一方否认共同出资。
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协议需明确双方权益。操作：1.写明双方信息；2.阐述共同出资及承包地情况；3.明确双方权利、义务及责任；4.双方签字盖章；5.如有必要，可公证或律师见证。
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常见处理方式为补签协议或修改原合同。选择时需确保双方真实意愿一致，并明确各自权利义务，若原合同已备案或涉及第三方，修改需谨慎，建议咨询专业律师。